【三木合戦】明石郡内の動き

三木合戦後、秀吉の天下になると摂津茨木より高山右近重友が入り、現在の船上や西の新明町あたりを含む広大な城域をもつ水城として威容を誇った

城主・高山右近がキリシタンのため周辺はすべてキリシタンになるのでは？と危惧した領内の寺社が秀吉に保護を訴えるも、秀吉は「右近次第」と回答したことで寺社が一斉に明石を離れたという話が残っている。その高山右近もバテレン追放令で国外追放となる。

大坂の陣後に明石藩主として信州から小笠原忠政が明石に入り、徳川秀忠の命令で明石城を築城した。その際、船上城の部材は再利用され、明石城の巽櫓が船上城の天守か櫓を移設したと言われています。

三木合戦時、秀吉が侵攻してくると明石氏は当初別所方であったが、当時の当主・明石則実は織田方に付くことに決断する。
その後は羽柴勢として野口城攻めや三木城包囲戦などに従軍した

明石則実はその後秀吉に取り立てられ、賤ヶ岳の戦い、小牧・長久手の戦い、紀州征伐、四国征伐、九州平定、小田原征伐、文禄の役と歴戦の武将として活躍し大名とり、関白豊臣秀次の家臣となるも秀次事件に連座し、改易、切腹となった。

間嶋氏は羽柴勢が播磨に入ってきた際に、兄は別所方、弟は秀吉方に付き家名を存続させた（加古川城・槽谷家と同じ）。
秀吉方についた間嶋氏は、そのご淡路岩屋城主などを務めたようだが、関ケ原で西軍につき没落したと伝わる。

三木合戦時は、侵攻してきた羽柴勢に対し、すぐ北方の三木城主別所氏に味方し、三木城での籠城戦に参加した。

三木城落城時に戦死したのか、逃れた帰農したのかなどは不明。